DE
Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ)
4 Tage

Software Developer - Interoperability for Single-Cell and Spatial Omics Methods(m/w/x)

Vollzeit/Teilzeit
mit Homeoffice
Berufserfahren
Keine Angabe
Heidelberg

In this role, you will enhance interoperability for single-cell and spatial omics by developing software that bridges the scverse and R/Bioconductor ecosystems. Your work will involve building infrastructure, improving documentation, and actively engaging with open-source communities.

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Anforderungen

  • •M.Sc. or equivalent in computer science, statistics, mathematics, physics, engineering, or biological science
  • •Software development skills in Python and familiarity with data science and geospatial Python stack
  • •Open-source development practices: Git/GitHub, code review, testing, packaging, CI/CD, and documentation
  • •Excellent collaboration and communication skills
  • •Experience with R/Bioconductor, AnnData/SummarizedExperiment, Zarr/NGFF, or designing cross-language APIs and data schemas
  • •Research experience implementing statistical learning or machine learning, ideally connected to spatial omics
Master-Abschluss

Berufserfahrung

ca. 1 – 4 Jahre

Deine Aufgaben

  • •Expand interoperability between scverse and R/Bioconductor ecosystems
  • •Develop software focused on the OME-Zarr file format and SpatialData framework
  • •Build and automate infrastructure for SpatialData interoperability across R/Python
  • •Create robust converters, I/O layers, and validation tests
  • •Enhance SpatialData documentation with tutorials, examples, and contributor guides
  • •Contribute to the NGFF specification and support updates for NGFF 0.6/RFC-5 and RFC-8
  • •Update the SpatialData codebase and contribute to the NGFF codebase
  • •Engage with the scverse and NGFF communities by triaging issues and reviewing PRs
  • •Collaborate in public forums and participate in cross-consortium events, sprints, and hackathons

Tools & Technologien

PythonGitGitHubpytestCI/CDSphinxRBioconductorAnnDataSummarizedExperimentZarrNGFFPyTorchKerasPyroTensorFlow

Sprachen

Deutsch – Grundkenntnisse

Deine Vorteile

Flexibles Arbeiten

  • •Flexible working hours
  • •Mobile work option

Betriebliche Altersvorsorge

  • •Company pension plan

Mehr Urlaubstage

  • •30 days vacation

Familienfreundlichkeit

  • •Family-friendly work environment

Öffi Tickets

  • •Discounted public transport ticket

Weiterbildungsangebote

  • •Personal development opportunities

Gesundheits- & Fitnessangebote

  • •Comprehensive health management
Die Originalanzeige dieses Stellenangebotes in der aktuellsten Version findest du hier. Nejo hat diesen Job automatisch von der Website des Unternehmens Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) erfasst und die Informationen auf Nejo mit Hilfe von KI für dich aufbereitet. Trotz sorgfältiger Analyse können einzelne Informationen unvollständig oder ungenau sein. Bitte prüfe immer alle Angaben in der Originalanzeige! Inhalte und Urheberrechte der Originalanzeige liegen beim ausschreibenden Unternehmen.

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